Durch die Gesundheitsreform wurde die Vergütung der Apotheken weitestgehend vom Arzneimittelpreis abgekoppelt. Diese Entkoppelung wird von den Apothekern ausdrücklich begrüßt, da sie ihre heilberufliche Position stärkt. Denn die Beratung als das zentrale Qualitätsmerkmal wird somit nicht von finanziellen Erwägungen überlagert. Zugleich sind die einzelnen Apotheken eigenständige Wirtschaftsunternehmen. Durch besondere Leistungen wie einen flächendeckenden Nacht- und Notdienstbereitschaft unterscheiden sie sich jedoch von anderen Einzelhändlern. Über das Einkommen der Apotheken entscheidet das Preisbildungssystem für Arzneimittel, das gesetzlich vorgeschrieben ist. Mit der Gesundheitsreform ist ein kombiniertes Modell von preisunabhängigen und preisabhängigen Komponenten bei der Preisbildung verschreibungspflichtiger Arzneimittel in Kraft getreten. Je Packung erhalten die Apotheken ein festes Abgabeentgelt von 8,10 Euro - unabhängig vom Preis des Medikaments. Die Gesetzlichen Krankenkassen bekommen einen Rabatt von zwei Euro pro verschriebenem Medikament zugesprochen. Zusätzlich wird eine preisabhängige Komponente von drei Prozent auf den Apothekeneinkaufspreis aufgeschlagen.
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